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ISMEでは、マングローブ研修コースと環境教育研修コースの集団研修を年に各１回実施しています。

・「マングローブ生態系の持続可能な管理コース」（1995年～）

・「持続可能な開発のための環境教育コース」（2005年～）

コース開始から2007年9月までに、マングローブ研修では36ヶ国・85名が、環境教育研修コースでは17ヶ国・22名が研修を修了し、それぞれの国で活躍しています。

研修コースは、各分野の研究者および専門家による講義、沖縄の八重山諸島でのフィールド実習などで構成されています。

ISMEでは、本研修以外にも短期研修コースなども行っています。プロジェクトの為の調査が必要な国に専門家の派遣も行います。